Учебный план по теологии предполагает синхронное изучение четырех циклов дисциплин:
— богословского,
— философского,
— общегуманитарного,
— языкового.
В основу разработки структуры подготовки специалистов положены следующие принципы объединения предметов в перечисленные циклы дисциплин:
- взаимодополнительность (темы одного предмета углубляются и расширяются в других дисциплинах: например, «Патрология» — в «Средневековой философии», «Догматическое богословие» — в «Литургическом богословии»);
- хронологическая последовательность (к примеру, от Библейской истории — до истории церкви в ХХ веке; от античной философии — до современных философских течений, от культуры первобытности до культурных явлений ХХ—ХХI веков;
- возрастание объема знаний от введения в предметную область на I курсе («Введение в богословие», «Введение в философию») до универсального взгляда на старших курсах (объёмные курсы по догматическому богословию, церковной истории, патрологии, а также обширные философские дисциплины);
- максимально возможная полнота охвата предмета изучения в пределах каждого цикла дисциплин;
- достижение целостности теологического знания при взаимодополнительности всех четырех циклов.
В богословский цикл включены основные разделы богословского знания: Введение в богословие, Библейская история Ветхого и Нового Заветов, История Древней Церкви, История Русской Православной Церкви, История Католической Церкви, История Протестантских Церквей, История нехристианских религий. Далее — изучение основных текстов христианского вероучения: Экзегетика Ветхого и Нового Заветов и Церковного Предания — трудов отцов Церкви (патрология). Затем, следуя вышеуказанным критериям, в богословский цикл вводятся предметы-толкования богословской и церковной практики: нравственное богословие, каноническое право, иконография, литургическое богословие и догматическое богословие, синтезирующее, в определенном смысле, все разделы богословия. По окончании обучения студенты сдают итоговый государственный экзамен по богословию.
Философский цикл учебного плана включает в себя последовательное изучение следующих предметов: Введение в философию, Античная философия, Средневековая философия, философия Нового Времени, немецкая классическая философия, философия XIX—XX веков, русская философия.
Изучение иностранных древних и новых языков введено в учебный план исходя из убеждения, что теолог обязан знать и ориентироваться хотя бы в двух древних языках. Студентам Института богословия и философии предлагается освоить церковнославянский и древнегреческий языки, по желанию — латынь. Именно на этих языках существует основной корпус богословской литературы, переведенный или непереведенный на русский и основные новоевропейские языки. Впрочем, это касается и основных философских трудов Античности, Средних веков и частью новоевропейских. Из новоевропейских языков в Институте преподаются на выбор или английский, или немецкий.
Общеобразовательный цикл является достраивающим богословское и философское знание. В его рамках изучаются как предметы, существующие на стыке богословия, философии, культурологии, так и оформившиеся во вполне самостоятельные области знания.
Изучение истории и культуры Античности, Средних веков, Нового и новейшего времени и русской истории расширяет границы понимания и усвоения соответственно истории философии от Античности до русской философской мысли. Культурология как наука о становлении души человека от эпохи к эпохе помогает глубже понять рождение и господство тех философских систем или церковных догматов, которые появляются и утверждаются (или отвергаются) в разные исторические отрезки времени.
Политология, правоведение, религоведение и другие — это современные концепции понимания мира, частью полностью оторвавшиеся от богословских и философских доктрин, частью тяготеющие выстроить свои объяснительные схемы именно на их основаниях. Наибольший интерес представляет собой введение в этот цикл предметов психологии с акцентированием двух ее разделов: возрастной психологии (выпускники становятся преподавателями в различных учебно-образовательных учреждениях) и основ психоанализа. В современном мире психоаналитики бросили вызов куда более древнему институту врачевания души — Церкви. И делают они это, претендуя на первенство, отталкиваясь от глубоко секулярных традиций. В Институте предпринята попытка иного подхода к психоанализу: курс читается с позиций православного христианского духовного опыта.
С момента создания Института богословия и философии большое значение в нем придавалось созданию тематических планов и учебных программ курсов. Они были разработаны по всем основным курсам и нередко носят своеобразный авторский характер, отражая научную и преподавательскую позицию автора.